El Departament és la unitat bàsica d’inserció a la Facultat, en la qual es realitza el treball en equip entre els professors, i la col•laboració amb la mateixa Facultat en la investigació i la docència. És, a més, el lloc natural del treball teològic dels alumnes de llicència i doctorat, dels ex alumnes de la Facultat i dels professors d’altres centres docents que busquin en la Facultat una comunitat d’estudis.
Tots els professors han de ser assignats, en principi, a un dels diversos departaments de la Facultat, segons llurs, especialitzacions o afinitats (Estatuts, Art. 23). En casos excepcionals un professor pot pertànyer a dos departaments.

Actualment, els departaments són:

• Teologia Sistemàtica

CAP DE DEPARTAMENT:
Dr. Jaume Fontbona

MEMBRES:Dr. Josep Casellas
Dr. Josep Castanyé
Lcda. Núria Caum, O.D.N.
Lic. Josep M. Domingo
Lic. Jaume Flaquer, S.I.  (en excedència)
Dr. Josep Giménez-Melià , S.I.
Dr. Framcesc-Xavier Marin
Dr. Emili Marlès
Dr. Xavier Melloni, S.I.
Lic. Norbert Miracle
Dr. Xavier Morlans 
Dr. Màxim Muñoz, C.M.F. (en excedència)
Dr. Xavier Novell
Dr. Salvador Pié
Dr. Jordi-Agustí Piqué, O.S.B.
Dr. Joan Planellas
Dr. Ramon Prat
Dr. Peio Sánchez
Lic. Joan Torra
Dr. Francesc Torralba
Lic. Josep M. Turull

Projecte de recerca pel als cursos 2010-2011 i 2011-2012: «L’Esperit Sant. Dinamisme i presència» (director: Dr. Enric Cortès)

• Sagrada Escriptura

CAP DE DEPARTAMENT:
Dr. Agustí Borrell OCD

MEMBRES:
Dr. Jaume Angelats
Dr. Jordi Cervera, O.F.M. Cap.
Dr. Joan Ferrer
Dr. Jordi Latorre, S.D.B.
Dr. Joan Ramon Marín
Dra. Begonya Palau
Dr. Armand Puig
Llic. Ignasi Ricart, C.M.F.
Llic. Samuel Sais
Dra. M. Claustre Solé, O.D.N.

• Teologia Moral

CAP DE DEPARTAMENT:
NN.

MEMBRES:
Dr. Antoni Babra
Llicda. Margarita Bofarull, R.S.C.J. (en excedència)
Dr. Joan Carrera, S.I.
Dr. Joan Costa
Dr. Josep M. Gavaldà
Dr. Antoni Nello
Llic. Lluís Sallan
Dr. Lluís Serra, F.M.S.
Llic. Josep Torné, O. Cist.
Llic. Domènec Valls, S.D.B.

• Litúrgia

CAP DE DEPARTAMENT:
Dr. Jaume González

MEMBRES:
Dr. Jordi Font
Dr. Xavier Parés
Dr. Rafael Serra
Dr. Gabriel Seguí, M.SS.CC.

• Dret Canònic

CAP DE DEPARTAMENT:
Dr. Santiago Bueno

MEMBRES:
Dr. Albert Cano

• Història de l’Església

CAP DE DEPARTAMENT:
Dr. David Abadías

MEMBRES:

Dr. Ramon Corts
Lic. Manuel Fuentes
Dra. Cristina Godoy

•  Seminari de Teologia als Països Catalans

DIRECTOR:
Lic. Jacint Duran, O.F.M. Cap.

MEMBRES:
Dr. Agustí Boadas, O.F.M.
Lic. Domingo Escuder
Dr. Jaume Mensa
Dr. Jaume de Puig
Lic. Josep Manuel Vallejo, O.F.M. Cap.