El primero ciclo de los estudios teológicos ofrece un tratamiento predominantemente sistemático de la Teología Moral, con los tratados de la Teología Moral Fundamental y de las Morales Especiales. La Licencia responde a las exigencias propias del segundo ciclo: complección y profundización de los contenidos y una introducción al método de investigación, con un acento especial en la dimensión histórica de las cuestiones morales. La nueva reestructuración del segundo ciclo según los criterios del EUEIS permite responder más adecuadamente tanto a la programación de los estudios de Teología Moral como a la participación activa y personal de los estudiantes. Los cursillos, tanto los comunes como los propios de la especialización, los cursos de lengua latina, los seminarios y especialmente el seminario de Tesina promueven la profundización de los temas y la participación de los alumnos hasta la consecución del título de Licencia.
Toda la temática moral se divide en tres áreas: Epistemològico-fundamental, bíblico-eclesial y moral especial. El alumno debe cursar como obligatorios durante el segundo ciclo: