El Departamento es la célula básica de la que se compone la Facultad, donde se realiza el trabajo en equipo en la investigación y la docencia de los profesores de la Facultad. Constituye además el foro del trabajo teológico de los alumnos de licencia y doctorado, en colaboración con los alumnos de la Facultad y de los profesores de otros centros docentes que busquen en la Facultad a una comunidad de estudio.
Todos los profesores deben ser asignados, en principio, a un departamento de la Facultad, según sus especializaciones o afinidades (Estatutos, Arte. 23). En casos excepcionales un profesor puede pertenecer a dos departamentos.